小森博文 (コモリ　ヒロフミ)

研究者情報

学位

• 博士（理学）（京都大学）

J-Global ID

• 201301058793184718

研究キーワード

• 構造生物学   タンパク質結晶学   Structural biology   Protein crystallography   

研究分野

• ライフサイエンス / 構造生物化学

経歴

• 2021年04月 - 現在  香川大学教育学部教授
• 2017年 - 現在  香川県立保健医療大学, 非常勤講師
• 2014年04月 - 2021年03月  香川大学教育学部准教授
• 2004年 - 2016年  理化学研究所, 客員研究員
• 2013年 - 2014年  香川大学 教育学部, 講師Faculty of Education
• 2004年 - 2013年  兵庫県立大学, 助教
• 2012年  - 大阪大学蛋白質研究所, 共同研究員
• 2002年 - 2004年  スタンフォード大学, ヒューマン・フロンティア・サイエンス・プログラム博士研究員
• 2004年  兵庫県立大学, ヒューマン・フロンティア・サイエンス・プログラム博士研究員
• 1999年 - 2002年  日本学術振興会, 特別研究員

学歴

•         - 2002年   京都大学   Graduate School, Division of Natural Science
•         - 2002年   京都大学   理学研究科
•         - 1997年   京都大学   理学部

所属学協会

• 日本化学会   日本生物高分子学会   日本蛋白質科学会   日本結晶学会   日本生化学会   

研究活動情報

論文

• Structural analysis of the human histidine decarboxylase Y334F mutant

  Hirofumi Komori; Yoko Nitta

  Journal of Biological Macromolecules 21 2 69 - 74 2021年 [査読有り]
  
• Experimental and theoretical study on converting myoglobin into a stable domain-swapped dimer by utilizing a tight hydrogen bond network at the hinge region

  Cheng Xie; Hiromitsu Shimoyama; Masaru Yamanaka; Satoshi Nagao; Hirofumi Komori; Naoki Shibata; Yoshiki Higuchi; Yasuteru Shigeta; Shun Hirota

  RSC Advances 11 59 37604 - 37611 2021年 [査読有り]
  
• A single amino acid substitution converts a histidine decarboxylase to an imidazole acetaldehyde synthase

  Daiki Takeshima; Ayaka Mori; Hideyuki Ito; Hirofumi Komori; Hiroshi Ueno; Yoko Nitta

  Archives of Biochemistry and Biophysics 693 108551 - 108551 2020年10月 [査読有り]
  
• The ellagitannin trimer rugosin G inhibits recombinant human histidine decarboxylase

  Nitta Y; Ito H; 小森博文; Ueno H; Takeshima D; Ito M; Sakaue M; Kikuzaki H

  Biosci Biotechnol Biochem. 83 7 1315 - 1318 2019年07月 [査読有り]
  
• Biochemical, spectroscopic and X-ray structural analysis of deuterated multicopper oxidase CueO prepared from a new expression construct for neutron crystallography

  Mahfuza Akter; Chika Inoue; Hirofumi Komori; Nana Matsuda; Takeshi Sakurai; Kunishige Kataoka; Yoshiki Higuchi; Naoki Shibata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS 72 788 - 794 2016年10月 [査読有り]
  
• Exogenous acetate ion reaches the type II copper centre in CueO through the water-excretion channel and potentially affects the enzymatic activity

  Hirofumi Komori; Kunishige Kataoka; Sakiko Tanaka; Nana Matsuda; Yoshiki Higuchi; Takeshi Sakurai

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS 72 558 - 563 2016年07月 [査読有り]
  
• Crystal structure of a hypothetical protein, TTHA0829 from Thermus thermophilus HB8, composed of cystathionine-β-synthase (CBS) and aspartate-kinase chorismate-mutase tyrA (ACT) domains

  M. Nakabayashi; N. Shibata; E. Ishido-Nakai; M. Kanagawa; Y. Iio; 小森博文; Y. Ueda; N. Nakagawa; S. Kuramitsu; Y. Higuchi

  Extremophiles 20 3 275 - 282 2016年05月 [査読有り]
  
• Domain swapping oligomerization of thermostable c-type cytochrome in E-coli cells

  Yugo Hayashi; Masaru Yamanaka; Satoshi Nagao; Hirofumi Komori; Yoshiki Higuchi; Shun Hirota

  SCIENTIFIC REPORTS 6 19334  2016年02月 [査読有り]
  
• Structural insights into the O-2 reduction mechanism of multicopper oxidase

  Hirofumi Komori; Yoshiki Higuchi

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 158 4 293 - 298 2015年10月 [査読有り]
  
• Crystallographic analysis of FAD-dependent glucose dehydrogenase

  Hirofumi Komori; Koji Inaka; Naoki Furubayashi; Michinari Honda; Yoshiki Higuchi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS 71 1017 - 1019 2015年08月 [査読有り]
  
• [Relationship between histamine and dopamine synthesizing enzymes].

  Nitta Y; Komori H; Ueno H

  Seikagaku. The Journal of Japanese Biochemical Society 87 3 321 - 325 2015年06月 [査読有り]
  
• Domain-Swapped Dimer of Pseudomonas aeruginosa Cytochrome c(551): Structural Insights into Domain Swapping of Cytochrome c Family Proteins

  Satoshi Nagao; Mariko Ueda; Hisao Osuka; Hirofumi Komori; Hironari Kamikubo; Mikio Kataoka; Yoshiki Higuchi; Shun Hirota

  PLOS ONE 10 4 e0123653  2015年04月 [査読有り]
  
• Change in structure and ligand binding properties of hyperstable cytochrome c(555) from Aquifex aeolicus by domain swapping

  Masaru Yamanaka; Satoshi Nagao; Hirofumi Komori; Yoshiki Higuchi; Shun Hirota

  PROTEIN SCIENCE 24 3 366 - 375 2015年03月 [査読有り]
  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of the NAD+-reducing [NiFe] hydrogenase from Hydrogenophilus thermoluteolus TH-1

  Midori Taketa; Hanae Nakagawa; Mao Habukawa; Hisao Osuka; Kiyohito Kihira; Hirofumi Komori; Naoki Shibata; Masaharu Ishii; Yasuo Igarashi; Hirofumi Nishihara; Ki-Seok Yoon; Seiji Ogo; Yasuhito Shomura; Yoshiki Higuchi

  Acta Crystallographica Section F:Structural Biology Communications 71 96 - 99 2015年01月 [査読有り]
  
• Oligomerization enhancement and two domain swapping mode detection for thermostable cytochrome c(552) via the elongation of the major hinge loop

  Chunguang Ren; Satoshi Nagao; Masaru Yamanaka; Hirofumi Komori; Yasuhito Shomura; Yoshiki Higuchi; Shun Hirota

  MOLECULAR BIOSYSTEMS 11 12 3218 - 3221 2015年 [査読有り]
  
• Role of the C-terminal extension stacked on the re-face of the isoalloxazine ring moiety of the flavin adenine dinucleotide prosthetic group in ferredoxin-NADP(+) oxidoreductase from Bacillus subtilis

  Daisuke Seo; Tomoya Asano; Hirofumi Komori; Takeshi Sakurai

  PLANT PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY 81 143 - 148 2014年08月 [査読有り]
  
• Formation of Domain-Swapped Oligomer of Cytochrome c from Its Molten Globule State Oligomer

  Megha Subhash Deshpande; Partha Pratim Parui; Hironari Kamikubo; Masaru Yamanaka; Satoshi Nagao; Hirofumi Komori; Mikio Kataoka; Yoshiki Higuchi; Shun Hirota

  BIOCHEMISTRY 53 28 4696 - 4703 2014年07月 [査読有り]
  
• New insights into the catalytic active-site structure of multicopper oxidases

  Hirofumi Komori; Ryosuke Sugiyama; Kunishige Kataoka; Kentaro Miyazaki; Yoshiki Higuchi; Takeshi Sakurai

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 70 772 - 779 2014年03月 [査読有り]
  
• Structure Analysis of Histidine Decarboxylase in Complex with Inhibitors

  Komori Hirofumi; Nitta Yoko; Ueno Hiroshi; Higuchi Yoshiki

  BIOPHYSICAL JOURNAL 106 2 263A  2014年01月 [査読有り]
  
• Formation of Oligomeric Cytochrome c during Folding by Intermolecular Hydrophobic Interaction between N- and C-Terminal α-Helices

  P.P.Parui; M.Deshpande; S.Nagao; H.Kamikubo; 小森博文; Y.Higuchi; M.Kataoka; S.Hirota

  Biochemistry 52 48 8732 - 8744 2013年12月 [査読有り]
  
• Crystal structure of the CueO mutants at Glu506, the key amino acid located in the proton transfer pathway for dioxygen reduction

  Hirofumi Komori; Takao Kajikawa; Kunishige Kataoka; Yoshiki Higuchi; Takeshi Sakurai

  Biochemical and Biophysical Research Communications 438 4 686 - 690 2013年09月 [査読有り]
  
• Domain Swapping of the Heme and N-Terminal α-Helix in Hydrogenobacter thermophilus Cytochrome c552 Dimer

  Yugo Hayashi; Satoshi Nagao; Hisao Osuka; Hirofumi Komori; Yoshiki Higuchi; Shun Hirota

  Protein Science 22 131 - 131 2013年07月 [査読有り]
  
• Inhibitory activity of Filipendula ulmaria constituents on recombinant human histidine decarboxylase

  Yoko Nitta; Hiroe Kikuzaki; Toshiaki Azuma; Yuan Ye; Motoyoshi Sakaue; Yoshiki Higuchi; Hirohumi Komori; Hiroshi Ueno

  Food Chemistry 138 2-3 1551 - 1556 2013年06月 [査読有り]
  
• Photosensitivity of the Ni-A state of [NiFe] hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F with visible light

  Hisao Osuka; Yasuhito Shomura; Hirofumi Komori; Naoki Shibata; Satoshi Nagao; Yoshiki Higuchi; Shun Hirota

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 430 1 284 - 288 2013年01月 [査読有り]
  
• Domain swapping of the heme and N-terminal α-helix in Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c552 dimer

  Y. Hayashi; S. Nagao; H. Osuka; 小森博文; Y. Higuchi; S. Hirota

  Biochemistry 51 43 8608 - 8616 2012年10月 [査読有り]
  
• Structural study reveals Ser345 determines substrate specificity on human histidine

  小森博文; Y. Nitta; H. Ueno; Y. Higuchi

  J. Biol. Chem. 287 29175-29183  2012年08月 [査読有り]
  
• Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of human histidine decarboxylase

  Hirofumi Komori; Yoko Nitta; Hiroshi Ueno; Yoshiki Higuchi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS 68 675 - 677 2012年06月 [査読有り]
  
• Structural and enzymatic characterization of BacD, an L-amino acid dipeptide ligase from Bacillus subtilis

  Yasuhito Shomura; Emi Hinokuchi; Hajime Ikeda; Akihiro Senoo; Yuichi Takahashi; Jun-ichi Saito; Hirofumi Komori; Naoki Shibata; Yoshiyuki Yonetani; Yoshiki Higuchi

  PROTEIN SCIENCE 21 5 707 - 716 2012年05月 [査読有り]
  
• An O-Centered Structure of the Trinuclear Copper Center in the Cys500Ser/Glu506Gln Mutant of CueO and Structural Changes in Low to High X-Ray Dose Conditions

  Hirofumi Komori; Ryosuke Sugiyama; Kunishige Kataoka; Yoshiki Higuchi; Takeshi Sakurai

  ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION 51 8 1861 - 1864 2012年 [査読有り]
  
• Role of π-electron systems in stabilization of the oxidized Tetraheme Architecture In Cytochrome c 3

  Takayama, Y; 小森博文; Morita, K; Kang, S-J; Higuchi, Y; Akutsu, H; Taketa-Sato, M

  Bulletin of the Chemical Society of Japan 84 10 1096 - 1101 2011年10月 [査読有り]
  
• Crystallographic characterization of the DIX domain of the Wnt signalling positive regulator Ccd1

  Shin-ichi Terawaki; Koumei Yano; Takuya Katsutani; Kensuke Shiomi; Kazuko Keino-Masu; Masayuki Masu; Yasuhito Shomura; Hirofumi Komori; Naoki Shibata; Yoshiki Higuchi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 67 758 - 761 2011年07月 [査読有り]
  
• Positively charged residues located downstream of PIP box, together with TD amino acids within PIP box, are important for CRL4Cdt2-mediated proteolysis

  Masato Michishita; Aya Morimoto; Takashi Ishii; Hirofumi Komori; Yasushi Shiomi; Yoshiki Higuchi; Hideo Nishitani

  GENES TO CELLS 16 1 12 - 22 2011年01月 [査読有り]
  
• Crystal structure analysis of Bacillus subtilis ferredoxin-NADP(+) oxidoreductase and the structural basis for its substrate selectivity

  Hirofumi Komori; Daisuke Seo; Takeshi Sakurai; Yoshiki Higuchi

  PROTEIN SCIENCE 19 12 2279 - 2290 2010年12月 [査読有り]
  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of dimeric and trimeric cytochromes c from horse heart

  Midori Taketa; Hirofumi Komori; Yoko Hattori; Satoshi Nagao; Shun Hirota; Yoshiki Higuchi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 66 1477 - 1479 2010年11月 [査読有り]
  
• Crystal structure of a PFU-PUL domain pair of Saccharomyces cerevisiae Doa1/Ufd3

  R. Nishimasu; 小森博文; Y. Higuchi; H. Nishimasu; H. Hiroaki

  Kobe J Med Sci 56 E125-139 - 139 神戸大学 2010年10月 [査読有り]
  
• Crystal Structures of Ethanolamine Ammonia-lyase Complexed with Coenzyme B-12 Analogs and Substrates

  Naoki Shibata; Hiroko Tamagaki; Naoki Hieda; Keita Akita; Hirofumi Komori; Yasuhito Shomura; Shin-ichi Terawaki; Koichi Mori; Noritake Yasuoka; Yoshiki Higuchi; Tetsuo Toraya

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 285 34 26484 - 26493 2010年08月 [査読有り]
  
• Cytochrome c polymerization by successive domain swapping at the C-terminal helix

  Shun Hirota; Yoko Hattori; Satoshi Nagao; Midori Taketa; Hirofumi Komori; Hironari Kamikubo; Zhonghua Wang; Isao Takahashi; Shigeru Negi; Yukio Sugiura; Mikio Kataoka; Yoshiki Higuchi

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 107 29 12854 - 12859 2010年07月 [査読有り]
  
• Expression, crystallization and preliminary X-ray crystallographic study of ethanolamine ammonia-lyase from Escherichia coli

  Naoki Shibata; Hiroko Tamagaki; Shungo Ohtsuki; Naoki Hieda; Keita Akita; Hirofumi Komori; Yasuhito Shomura; Shin-ichi Terawaki; Tetsuo Toraya; Noritake Yasuoka; Yoshiki Higuchi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 66 709 - 711 2010年06月 [査読有り]
  
• Structure and molecular evolution of multicopper blue proteins

  Hirofumi Komori; Yoshiki Higuchi

  Biomolecular Concepts 1 1 31 - 40 2010年05月
• Crystallization and preliminary X-ray studies of ferredoxin-NADP+ oxidoreductase encoded by B.subtilis yumC

  小森博文; D. Seo; T. Sakurai; Y. Higuchi

  Acta Cryst. F 66 Pt 3 301-303 - 3 2010年03月 [査読有り]
  
• X-ray structure of a two-domain type laccase: A missing link in the evolution of multi-copper proteins

  Hirofumi Komori; Kentaro Miyazaki; Yoshiki Higuchi

  FEBS LETTERS 583 7 1189 - 1195 2009年04月 [査読有り]
  
• Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a putative two-domain-type laccase from a metagenome

  Hirofumi Komori; Kentaro Miyazaki; Yoshiki Higuchi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS 65 264 - 266 2009年03月 [査読有り]
  
• Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a putative two-domain-type laccase from a metagenome

  Hirofumi Komori; Kentaro Miyazaki; Yoshiki Higuchi

  Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications 65 3 264 - 266 2009年 [査読有り]
  
• Strategic roles of axial histidines in structure formation and redox regulation of tetraheme cytochrome c(3)

  Yuki Takayama; Nicolas D. Werbeck; Hirofumi Komori; Kumiko Morita; Kiyoshi Ozawa; Yoshiki Higuchi; Hideo Akutsu

  BIOCHEMISTRY 47 36 9405 - 9415 2008年09月 [査読有り]
  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of a class II release factor RF3 from a sulfate-reducing bacterium

  Kiyohito Kihira; Shuko Numata; Masaya Kitamura; Jun Kondo; Shinichi Terawaki; Yasuhito Shomura; Hirofumi Komori; Naoki Shibata; Yoshiki Higuchi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 64 622 - 624 2008年07月 [査読有り]
  
• Structure and function of the engineered multicopper oxidase CueO from Escherichia coli - Deletion of the methionine-rich helical region covering the substrate-binding site

  Kunishige Kataoka; Hirofumi Komori; Yusaku Ueki; Yusuke Konno; Yuji Kamitaka; Shinji Kurose; Seiya Tsujimura; Yoshiki Higuchi; Kenji Kano; Daisuke Seo; Takeshi Sakurai

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 373 1 141 - 152 2007年10月 [査読有り]
  
• Crystal structures of hydrogenase maturation protein HypE in the Apo and ATP-bound forms

  Yasuhito Shomura; Hirofumi Komori; Natsuko Miyabe; Masamitsu Tomiyama; Naoki Shibata; Yoshiki Higuchi

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 372 4 1045 - 1054 2007年09月 [査読有り]
  
• Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of the axin DIX domain

  Naoki Shibata; Yusuke Tomimoto; Toru Hanamura; Ryo Yamamoto; Mai Ueda; Yasufumi Ueda; Nobuhiro Mizuno; Hideaki Ogata; Hirofumi Komori; Yasuhito Shomura; Michihiko Kataoka; Sakayu Shimizu; Jun Kondo; Hideki Yamamoto; Akira Kikuchi; Yoshiki Higuchi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS 63 529 - 531 2007年06月 [査読有り]
  
• Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of the axin DIX domain

  Naoki Shibata; Yusuke Tomimoto; Toru Hanamura; Ryo Yamamoto; Mai Ueda; Yasufumi Ueda; Nobuhiro Mizuno; Hideaki Ogata; Hirofumi Komori; Yasuhito Shomura; Michihiko Kataoka; Sakayu Shimizu; Jun Kondo; Hideki Yamamoto; Akira Kikuchi; Yoshiki Higuchi

  Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications 63 6 529 - 531 2007年05月 [査読有り]
  
• Human DNA replication-related element binding factor (hDREF) self-association via hATC domain is necessary for its nuclear accumulation and DNA binding

  Daisuke Yamashita; Hirofumi Komori; Yoshiki Higuchi; Tomohiro Yamaguchi; Takashi Osumi; Fumiko Hirose

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 282 10 7563 - 7575 2007年03月 [査読有り]
  
• Crystal structure of CO-sensing transcription activator CooA bound to exogenous ligand imidazole

  Hirofumi Komori; Sayaka Inagaki; Shiro Yoshioka; Shigetoshi Aono; Yoshiki Higuchi

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 367 3 864 - 871 2007年03月 [査読有り]
  
• Crystal Structure of TTHA1657 (AT-rich DNA-binding protein; p25) from Thermus thermophilus HB8 at 2.16Å

  A. Nakamura; A. Sosa; 小森博文; A. Kita; K. Miki

  Proteins 66 3 755 - 759 2007年02月 [査読有り]
  
• Head module control of mediator interactions

  Yuichiro Takagi; Guillermo Calero; Hirofumi Komori; Jesse A. Brown; Andreas H. Ehrensberger; Andy Hudmon; Francisco Asturias; Roger D. Kornberg

  MOLECULAR CELL 23 3 355 - 364 2006年08月 [査読有り]
  
• Roles of charged residues in pH-dependent redox properties of cytochrome c3 from D. vulgaris Miyazaki F

  N. Yahata; K. Ozawa; Y. Tomimoto; K. Morita; 小森博文; H. Ogata; Y. Higuchi; H. Akutsu

  Biophysics 2 45-56 - 56 The Biophysical Society of Japan 2006年07月 [査読有り]
  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of CooA from Carboxydothermus hydrogenoformans

  H Komori; K Satomoto; Y Ueda; N Shibata; S Inagaki; S Yoshioka; S Aono; Y Higuchi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 62 471 - 473 2006年05月 [査読有り]
  
• Structure of a conserved hypothetical protein, TTHA0849 from Thermus thermophilus HB8, at 2.4 angstrom resolution: a putative member of the StAR-related lipid-transfer (START) domain superfamily

  M Nakabayashi; N Shibata; H Komori; Y Ueda; H Iino; A Ebihara; S Kuramitsu; Y Higuchi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 61 1027 - 1031 2005年12月 [査読有り]
  
• Activation process of [NiFe] hydrogenase elucidated by high-resolution X-ray analyses: Conversion of the ready to the unready state

  H Ogata; S Hirota; A Nakahara; H Komori; N Shibata; T Kato; K Kano; Y Higuchi

  STRUCTURE 13 11 1635 - 1642 2005年11月 [査読有り]
  
• Ubiquitin ligase activity of TFIIH and the transcriptional response to DNA damage

  Y Takagi; CA Masuda; WH Chang; H Komori; D Wang; T Hunter; CAP Joazeiro; RD Kornberg

  MOLECULAR CELL 18 2 237 - 243 2005年04月 [査読有り]
  
• DNA apophotolyase from Anacystis nidulans: 1.8 angstrom structure, 8-HDF reconstitution and X-ray-induced FAD reduction

  R Kort; H Komori; S Adachi; K Miki; A Eker

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 60 1205 - 1213 2004年07月 [査読有り]
  
• The N-terminal domain of the replication initiator protein RepE is a dimerization domain forming a stable dimer

  A Nakamura; H Komori; G Kobayashi; A Kita; C Wada; K Miki

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 315 1 10 - 15 2004年02月 [査読有り]
  
• Revised subunit structure of yeast transcription factor IIH (TFIIH) and reconciliation with human TFIIH

  Y Takagi; H Komori; WH Chang; A Hudmon; H Erdjument-Bromage; P Tempst; RD Kornberg

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 278 45 43897 - 43900 2003年11月 [査読有り]
  
• Crystallization and preliminary X-ray studies of a thermostable DNA photolyase from Thermus thermophilus HB8

  H Komori; H Tsujiuchi; R Masui; S Kuramitsu; S Yokoyama; T Shibata; Y Inoue; K Miki

  PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS 8 6 495 - 498 2001年12月 [査読有り]
  
• Crystal structure of thermostable DNA photolyase: Pyrimidine-dimer recognition mechanism

  H Komori; R Masui; S Kuramitsu; S Yokoyama; T Shibata; Y Inoue; K Miki

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 98 24 13560 - 13565 2001年11月 [査読有り]
  
• The iteron regions necessary for the RepE-iteron interaction in vivo in mini-F plasmids of Escherichia coli

  H Uga; H Komori; K Miki; C Wada

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 127 4 537 - 541 2000年04月 [査読有り]
  
• Crystal structure of a prokaryotic replication initiator protein bound to DNA at 2.6 angstrom resolution

  H Komori; F Matsunaga; Y Higuchi; M Ishiai; C Wada; K Miki

  EMBO JOURNAL 18 17 4597 - 4607 1999年09月 [査読有り]
  
• Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of a replication initiator protein (RepE54) of the mini-F plasmid complexed with iteron DNA

  H Komori; N Sasai; F Matsunaga; C Wada; K Miki

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 125 1 24 - 26 1999年01月 [査読有り]
  

講演・口頭発表等

• Conversion of a Monomeric Protein into a Domain-swapped Dimer by Utilizing a Tight Hydrogen Bond Network at the Hinge Region for Myoglobin  [通常講演]

  Cheng Xie; Hiromitsu Shimoyama; Masaru Yamanaka; Satoshi Nagao; Hirofumi Komori; Naoki Shibata; Yoshiki Higuchi; Yasuteru Shigeta; Shun Hirota

  10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference 2022年11月
• ヒスタミン合成酵素Y334変異体の構造解析  [通常講演]

  小森博文; 新田陽子

  生化学会2022年度大会 2022年11月 ポスター発表
• Construction and structural characterization of a unique dimer of ferredoxin from Thermotoga maritima

  Nur Afiqah; BINTI AZMI; Tsuyoshi MASHIMA; Hideaki OGATA; Hirofumi KOMORI; Tomoshige ANDO; Masaru YAMANAKA; Shun HIROTA

  日本化学会第102春季年会（2022) 2022年03月 口頭発表（一般）
• Experimental and theoretical study on converting myoglobin into a stable domain-swapped dimer by utilizing a tight hydrogen bond network at the hinge region  [通常講演]

  Cheng Xie; Hiromitsu Shimoyama; Masaru Yamanaka; Satoshi Nagao; Hirofumi Komori; Naoki Shibata; Yoshiki Higuchi; Yasuteru Shigeta; Shun Hirota

  日本化学会第102春季年会（2022) 2022年03月 口頭発表（一般）
• ヒスタミン生成酵素の1アミノ酸置換による触媒能変換について  [通常講演]

  竹島 大貴; 小森 博文; 植野 洋志; 新田 陽子

  日本ヒスタミン学会 2022年01月 口頭発表（一般）
• エラジタンニンによるヒスチジンデカルボキシラーゼ活性阻害機構の検討  [通常講演]

  竹島 大貴; 菊崎 泰枝; 伊東 秀之; 小森 博文; 植野 洋志; 新田 陽子

  日本ビタミン学会 2021年06月 口頭発表（一般）

MISC

• ヒスタミン合成酵素変異体の過酸化水素生成

  竹島大貴; 小森博文; 植野洋志; 新田陽子 生物高分子 18 (2) 37 2018年09月
• ヒスタミン合成酵素とヒスタミンアナログ阻害剤の構造解析

  松村瑶子; 西田理央; JIMENEZ Francisca Sanchez; 新田陽子; 小森博文 生物高分子 17 (2) 34 2017年09月
• イチゴ品種‘桃薫’のヒスチジンデカルボキシラーゼ活性阻害物質の単離と同定

  森美幸; 菊崎泰枝; 山下慶子; 宇野雄一; 野口裕司; 小森博文; 植野洋志; 新田陽子 生物高分子 17 (2) 35 2017年09月
• アミノオキシメチルイミダゾールによるヒスタミン合成酵素の阻害機構

  西田理央; 松村瑶子; JIMENEZ Francisca; 新田陽子; 小森博文 日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.2LBA‐001 (WEB ONLY) 2017年
• イチゴ品種‘桃薫’のヒスチジン脱炭酸酵素の活性阻害

  森美幸; 菊崎泰枝; 宇野雄一; 野口裕司; 小森博文; 植野洋志; 新田陽子 生物高分子 16 (1) 36 2016年09月
• ガロタンニン,エラジタンニンによるヒスチジン脱炭酸酵素の活性阻害の解析

  森美幸; 菊崎泰枝; 植野洋志; 小森博文; 新田陽子 ビタミン 90 (4) 184 2016年04月
• 芳香族アミノ酸脱炭酸酵素の基質認識

  新田陽子; 小森博文; 小森博文; 植野洋志 生物高分子 15 (1) 75 2015年09月
• 小学校理科の新課程教科書の研究：実験・観察例を中心に

  笠 潤平; 礒田 誠; 高橋 尚志; 青木 高明; 大浦みゆき; 佐々木 信行; 高木 由美子; 小森 博文; 高橋智香; 松本 一範; 篠原 渉; 稗田美嘉; 松村雅文; 寺尾 徹; 北林 雅洋 香川大学教育学部研究報告第2部 65 (2) 53-66 -66 2015年09月
• Change in structure and ligand binding properties of hyperstable cytochrome c555 from Aquifex aeolicus by domain swapping

  Yamanaka Masaru; Nagao Satoshi; Komori Hirofumi; Higuchi Yoshiki; Hirota Shun 2015年03月
• ヒスタミン合成酵素のX線結晶構造解析

  小森博文; 新田陽子; 植野洋志; 樋口芳樹 生物高分子 14 (2) 116 2014年09月
• 中学校理科の新教科書の研究： 理科教員養成をめぐる新しい課題の明確化

  松村 雅文; 寺尾 徹; 礒田 誠; 高橋 尚志; 青木 高明; 大浦みゆき; 佐々木 信行; 高木 由美子; 小森 博文; 高橋智香; 松本 一範; 篠原 渉; 稗田美嘉; 北林 雅洋; 笠 潤平 香川大学教育学部研究報告第Ⅱ部 64 (1) 5 2014年03月
• ヒスチジン脱炭酸反応における触媒ループの役割

  小森博文; 新田陽子; 植野洋志; 樋口芳樹 日本生化学会大会(Web) 87th 2P-194 (WEB ONLY) 2014年
• ヒスタミン合成酵素の構造解析

  小森博文; 新田陽子; 植野洋志; 樋口芳樹 日本結晶学会年会講演要旨集 2013 29 2013年10月
• αフルオロメチルヒスチジンによるヒスタミン合成酵素の阻害機構の解明

  小森博文; 新田陽子; 植野洋志; 樋口芳樹 日本生化学会大会(Web) 86th 2T18A-03(2P-122) (WEB ONLY) 2013年
• ヒト由来ヒスチジンデカルボキシラーゼの基質特異性と触媒機構の研究

  新田陽子; 小森博文; 樋口芳樹; 植野洋志 生物高分子 12 (2) 66 2012年09月
• ヒト由来ヒスチジン脱炭酸酵素の構造解析

  小森博文; 新田陽子; 植野洋志; 樋口芳樹 日本生化学会大会(Web) 85th 3P-289 (WEB ONLY) 2012年
• 2SJ-03 ドメインスワッピングによるシトクロムcポリマー化(2SJ タンパク質複合体研究の新展開:分子から超分子、凝集体まで,日本生物物理学会第49回年会(2011年度))

  長尾 聡; Kataoka Mikio; Higuchi Yoshiki; Hirota Shun; Hattori Yoko; Ueda Mariko; Taketa Midori; Osuka Hisao; Komori Hirofumi; Kamikubo Hironari; Negi Shigeru; Sugiura Yukio 生物物理 51 (0) S22 -S23 2011年
• 酸化型ウマシトクロムcの多量体構造とポリマー化機構

  廣田俊; 服部洋子; 長尾聡; 竹田翠; 小森博文; 上久保裕生; 根木滋; 杉浦幸雄; 片岡幹雄; 樋口芳樹 生体分子科学討論会講演要旨集 37th 2010年
• 3P023 C末端ヘリックスの連続ドメインスワッピングによるシトクロムcポリマー化(蛋白質-構造,第48回日本生物物理学会年会)

  Hirota Shun; Sugiura Yukio; Kataoka Mikio; Higuchi Yoshiki; Hattori Yoko; Nagao Satoshi; Taketa Midori; Komori Hirofumi; Kamikubo Hironari; Wang Zhonghua; Takahashi Isao; Negi Shigeru 生物物理 50 (2) S149 2010年
• メタゲノム由来ラッカーゼのX線結晶構造解析

  小森博文; 宮崎健太郎; 樋口芳樹 生体分子科学討論会講演要旨集 36th 16-17 2009年06月
• メタゲノム由来ラッカーゼの結晶構造

  小森博文; 小森博文; 宮崎健太郎; 樋口芳樹; 樋口芳樹 日本結晶学会年会講演要旨集 2009 106 2009年
• II 脳・神経系で機能するタンパク質群のX線構造生物学(生体物質構造学I,生命理学研究科)

  志村 康人; 小森 博文; 柴田 直樹; 樋口 芳樹 兵庫県立大学大学院物質理学研究科・生命理学研究科研究一覧 18 112 -112 2006年04月
• I 代謝系に関わるタンパク質・酵素群のX線構造化学(生体物質構造学I,生命理学研究科)

  庄村 康人; 小森 博文; 柴田 直樹; 樋口 芳樹 兵庫県立大学大学院物質理学研究科・生命理学研究科研究一覧 18 112 -112 2006年04月
• II 脳・神経系で機能するタンパク質群のX線構造生物学(生体物質構造学I)

  小森 博文; 柴田 直樹; 樋口 芳樹 兵庫県立大学大学院物質理学研究科・生命理学研究科研究一覧 16 113 -113 2005年10月
• I 代謝系に関わるタンパク質・酵素群のX線構造化学(生体物質構造学I)

  小森 博文; 柴田 直樹; 樋口 芳樹 兵庫県立大学大学院物質理学研究科・生命理学研究科研究一覧 16 113 -113 2005年10月

共同研究・競争的資金等の研究課題

• ヒスタミン合成酵素の分子機構解明

  日本学術振興会：科学研究費助成事業 基盤研究(C)

  研究期間 : 2016年04月 -2020年03月 

  代表者 : 小森 博文

   

  新規の基質類似阻害剤と酵素の複合体のＸ線回折データ処理を進め、結晶構造を決定した。これまでに解析されているヒスチジンメチルエステルと活性部位の比較検討を行い、構造の違いを確認した。その結果、基質認識機構と触媒ループ上に存在するチロシン（Y334）の重要性が明らかとなった。この重要なチロシン残基をフェニルアラニンに置換したY334F変異体について、野生型と同様に結晶化を行い、基質ヒスチジンをソーキングすることによって、脱炭酸反応の進んでいない反応中間体の構造を解析することに成功した。また、他のビタミンB6酵素と比較することによって、共通の役割をしていることも示唆された。
• マルチ銅オキシダーゼによる酸素還元機構の解明と機能改変体の電極触媒としての利用

  日本学術振興会：科学研究費助成事業 基盤研究(B)

  研究期間 : 2014年04月 -2017年03月 

  代表者 : 櫻井 武; 片岡 邦重; 小森 博文; 辻村 清也; 井田 朋智

   

  マルチ銅オキシダーゼによる酸素の４電子還元が共通した反応機構で進行することをCueO及びビリルビンオキシダーゼのタイプI銅配位子並びにプロトン輸送に関与するアミノ酸への変異導入によって明らかにした。この時、三核銅部位の外圏に配置されたアミノ酸が電子供与体として機能しないことがわかった。酸素還元過程の詳細をさらに詳しく解明するため中性子回折を行うことを計画し、重水中でCeuOを結晶化した。また、緩衝液起源の酢酸イオンがタイプII銅に結合することを見出した。さらに、タイプI銅の外圏部の改変により酵素活性を高め、なおかつ、優れた電極応答を実現し、生物燃料電池の電極触媒としての利用の道を開いた。
• 転写因子ＴＦＩＩＨサブ複合体の構造解析

  日本学術振興会：科学研究費助成事業 若手研究(B)

  研究期間 : 2010年04月 -2014年03月 

  代表者 : 小森 博文

   

  本研究は、RNAポリメラーゼIIによるDNA転写制御機構を明らかにするために、Ｘ線結晶解析によって転写因子の立体構造を決定し、転写制御の分子機構を解明することを目的としている。転写因子は様々な種類のタンパク質の複合体として機能する。結晶化に適する試料を調整するために、転写制御に関わる重要なタンパク質複合体について、昆虫細胞や大腸菌の共発現系を利用して精製を行った。
• 一酸化炭素センサーとして働く転写制御ヘムタンパク質の構造解析

  日本学術振興会：科学研究費助成事業 若手研究(B)

  研究期間 : 2006年 -2008年 

  代表者 : 小森 博文

   

  生物は環境に適応するために外界のシグナルを受容し,生体内へ伝達する仕組みを持っている.一酸化炭素(CO)以外の気体分子のシグナルセンサーとして働くタンパク質も多数発見されているが,CooAタンパク質はその分子中にヘムを含むとてもユニークな転写制御因子であり,ヘムタンパク質としても全く新規なものである.本研究は、COによる転写制御のメカニズムを明らかにすることを目的として、嫌気性微生物C.hydrogenoformans由来CooAタンパク質の構造解析を行った。CooAタンパク質は、C末端にhis-tagの付いた組換えタンパク質として発現、精製し、ポリエチレングリコールを沈殿剤として用いた条件で結晶化に成功した。ヘム鉄の異常分散を利用してSAD法による位相決定を行い、最終的に2.2A分解能で結晶構造を決定した。明らかとなった不活性型CooAの結晶構造と同じ転写制御因子ファミリーに属する活性型CRPの結晶構造を比較した結果、活性化によってDNA結合ドメインが大きく構造変化をすることが示唆された。
• ヒドロゲナーゼの活性部位における金属クラスターの構造化学と機能発現

  日本学術振興会：科学研究費助成事業 特定領域研究

  研究期間 : 2004年 -2007年 

  代表者 : 樋口 芳樹; 小森 博文

   

  ヒドロゲナーゼはNiとFeを活性部位に持つ金属酵素であり,水素の酸化・還元を触媒する機能を持つ.本酵素の工業的利用の可能性を探る研究は新規燃料電池の開発や石油に変わるクリーンエネルギー生成の道を拓くことにつながる.活性部位のNiとFe以外にアミノ酸以外の分子が配位した複核金属錯体を形成している.これまでにX線結晶解析の手法で「酸化型」「水素還元型」,「CO阻害型」,「光活性型」などの高分解能結晶構造を明らかにしてきた.本研究では,酸化型についてさらに詳細に構造化学的研究を展開し,不活性で安定な型「Ni-A型」と活性準備型であるが不安定な型「Ni-B型」をつくりわけ,さらに両者を結晶化して構造解析することに成功した.これにより酵素自身が活性化される過程において起こす配位構造の変化を捕らえることに成功した.また,基質・水素の挙動を直接捕らえるためには中性子結晶解析を行う必要がある.そのために重水中でのヒドロゲナーゼの結晶化条件をスクリーニングし, 1.0mm^3以上の体積を持つ結晶の調製に成功した.今後は,タンパク質の全水素原子の重水素化を目指したタンパク質の調製法の検討に入る予定である.また、活性部位の配位子構造を構築するための酵素群のうち、HypEタンパク質やCO誘導型ヒドロゲナーゼの遺伝子を活性化する転写因子・CooAタンパク質の結晶構造解析に成功し,それらの結果などを構造生物学の専門誌に公表した.
• X線結晶構造に基づくDNA複製開始の分子機構に関する研究

  日本学術振興会：科学研究費助成事業 特別研究員奨励費

  研究期間 : 1999年 -2001年 

  代表者 : 小森 博文

その他のリンク

researchmap

https://researchmap.jp/7000004679