MF Researcher Database

Researchers Database

Advance

Kamitori Shigehiro

  • Faculty of Medicine
  • School of Medicine
  • Research Facility Center for Science and Tachnology
  • Professor
Last Updated :2025/04/24

Researcher Information

Degree

  • Ph. D.（Osaka City University）

ORCID ID

J-Global ID

Profile

  • My current research interests are the structure–function relationship of carbohydrate-binding proteins and the catalytic reaction mechanisms of sugar isomerases, as deduced from X-ray structures.

Research Interests

  • X-ray crystal structure analysis   protein crystallography   carbohydrate-inding protein   bacterial cell wall   enzymatic catalytic reaction mechanism   rare sugars   

Research Areas

  • Life sciences / Structural biochemistry

Academic & Professional Experience

  • 2022/04 - Today  Kagawa UniversityResearch Facility Center for Science & Technology and Faculty of MedicineProfessor
  • 2004/11 - 2022/03  Kagawa UniversityLife Science Research Cente and Faculty of MedicineProfessor
  • 2000/03 - 2004/10  Tokyo University of Agriculture and TechnologyFaculty of TechnologyAssociate Professor
  • 1994/09 - 2000/02  Tokyo University of Agriculture and TechnologyFaculty of TechnologyAssistant Professor
  • 1991/03 - 1994/08  University of KansasDepartment of ChemistryResearch Associate
  • 1989/04 - 1991/02  Kyowa Hakko Kogyo Co. Ltd.Research fellow

Education

  • 1984/04 - 1989/03  Osaka City University  Graduate School  Ph. D.
  • 1980/04 - 1984/03  Osaka City University  Faculty of sience  Department of chemistry

Association Memberships

  • PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN   THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN   日本生化学会   日本結晶学会   日本化学会   日本生化学会   日本結晶学会   日本化学会   

Published Papers

Books etc

  • SH Domains: Structure, Mechanisms and Applications
    Springer 2015 9783319200972

Conference Activities & Talks

  • ウェルシュ菌線毛の宿主細胞接着部CppB-CppA共有結合複合体のクライオ電顕とX線結晶解析による立体構造解析の試み Preliminary structural analysis of Clostridium perfringens CppB-CppA covalent complex at the host-cell adhesion site of pili by cryo-electron microscopy and X-ray crystallography  [Not invited]
    野中康宏;玉井栄治;関谷洋志;中村隆範;神鳥成弘
    第96回日本生化学会大会  2023/10  福岡  日本生化学会
     
    細菌は，単細胞として生存していくために，細胞の周囲に高度な細胞外構造物として細胞壁を構築している。特にグラム陽性菌は，約25 nmの厚さの強固な細胞壁を持ち，そこには多くの表面タンパク質およびタイコ酸（糖リン酸）が固定化されている。表面タンパク質の一つである線毛（Pili）は，細菌表面から外側に長く突き出た繊維状のタンパク質で，多数のmajor pilinが共有結合で重合することにより長いシャフト部分を形成し，その先端に1分子のminor/tip pilinが共有結合で付加されており，感染に際しては宿主細胞へ接着する機能を持つと考えられている。線毛の形成は，クラスC Sortase（SrtC，細胞壁内酵素）の触媒作用により行われる。グラム陽性病原性細菌であるウェルシュ菌（Clostridium perfringens）は，シャフトを構成するmajor pilin (CppA）と先端にあるminor/tip pilin（CppB）を持っており，これらは，Sortase C (CpSrtC)とともにゲノム上でオペロンを形成している。われわれは，これまでに， 3つのドメインからなるCppAの立体構造，CppBの5つのドメイン（D1 - D5）の中でコラーゲン結合能の高いCppB-D1D2の立体構造，およびCpSrtCの立体構造をX線結晶解析により決定し，それぞれの構造と機能との関係について報告してきた。しかしながら，線毛全体の立体構造モデルを構築するためには，線毛先端部のCppBとCppAとの連結部分の立体構造情報が必要である。最近，大腸菌共発現系を用いて，CppB, CppA, CpSrtCを共発現させ，CppB-CppA共有結合複合体の調製に成功した。今回，クライオ電顕およびX線結晶解析によるCppB-CppA共有結合複合体の立体構造解析について，現在までに得られている結果について報告する。
  • 希少糖アロース代謝系酵素のX線結晶構造解析と生化学的解析 Structural and biochemical characterizations of enzymes involved in the metabolism of a rare sugar D-allose  [Not invited]
    神鳥成弘;塚本郁子
    第96回⽇本⽣化学会⼤会  2023/10  福岡  ⽇本⽣化学会
     
    D-Allose is a rare sugar, existing in very small amounts in nature, compared to D-glucose, D-mannose, and D-galactose. This is because D-allose has an axial hydroxy group at 3-position (O3) causing 1,3-diaxial interactions with H1/O1 and H5, which hinder a stable chair conformation. Interestingly, several bacteria have allose operon responsible for D-allose metabolism, which consists of seven genes, alsR, alsB, alsA, alsC, alsE, alsK, and rpiB. Repressor protein coded by alsR is thought to control gene expression. An extracellular allose-binding protein (AlsB), trans-membrane permease (AlsC), and an intracellular ATP binding protein (AlsA) construct an ABC transport system for import of D-allose. Allose kinase (AlsK) catalyzes the phosphorylation of D-allose to D-allose-6-phosphate (A6P), and D-ribose-5-phosphate isomerase B (RpiB) catalyzes the isomerization of A6P to D-allulose-6-phosphate (D-psicose-6-phosphate, P6P). Then, D-allulose-6-phospate 3-epimerase (AlsE) catalyzes the epimerization of P6P to D-fructose-6-phosphate (F6P), which can enter glycolysis. To understand the biological implication of allose operon utilizing a rare sugar D-allose, as a carbon source, we are conducting structural and biochemical characterizations of proteins coded in allose operon. Here, we report X-ray structures of AlsK, RpiB, and AlsE from Paenibacillus kribbensis (Pkb), and enzyme activity assays of PkbAlsK. The results showed that PkbAlsK could specifically recognize D-allose as a substrate with a high enzyme activity, and that F6P could be obtained from D-allose as a starting material by PkbAlsK, PkbRpiB, and PkbAlsE.
  • I型インターフェロン産生に関わる転写因子Spi-BのEtsドメイン-DNA複合体構造解析 DNA complex structure of Spi-B Ets domain, transcription factor involved in type I interferon production  [Not invited]
    野中康宏;中村隆範;星野克明;神鳥成弘
    第23回日本蛋白質学会年会  2023/07  名古屋  日本蛋白質学会
     
    形質細胞様樹状細胞は病原体の感知をきっかけに大量のI型インターフェロン(IFN)を産生する。このIFN産生にはEtsファミリー転写因子Spi-Bが強く関わっている。近年、Spi-BがIfna4プロモーター上のAGAA配列に結合し、転写調節因子IRF-7による転写活性化を増強することが明らかになった。Spi-Bの立体構造は未知であるが、Ｃ末端側にDNA結合モチーフであるEtsドメインが見られ、オンコプロテインPU.1のEtsドメインとよく類似している。本研究はSpi-BとDNAの複合体構造を明らかにし、I型IFN転写制御メカニズムへの理解を深めることを目的とした。まずSpi-B Etsドメインの大腸菌発現系を構築し、AGAA配列を含むオリゴDNAとの複合体結晶構造を解析した。また、過去にPU.1 EtsドメインとGGAA配列の複合体構造が報告されていることから、GGAAを含むDNAについても同様に解析した。得られたSpi-B Etsドメインの立体構造はPU.1 Etsとよく一致していた。認識配列の一塩基目(A or G)に着目すると、PU.1 Ets-GGAA複合体ではグアニンに対してArg235が、相補鎖側のシトシンに対して水分子を介してGlu228、Arg235が相互作用をしていた。一方でSpi-B Ets-AGAAではアデニンとArg237の相互作用が同様に見られたが、相補鎖側との相互作用は見られずGln230側鎖の電子密度分布も観測できなかった。Spi-B Ets-GGAAではPU.1 Ets-GGAAと概ね類似した相互作用が見られた。今後はEtsドメインとDNAの相互作用解析や、Spi-BとIRF-7およびDNAの三者複合体についての解析を試みる。
  • 病原性細菌ウェルシュ菌線毛構成タンパク質および線毛形成を触媒する酵素Sortase CのX線結晶解析 X-ray structures of Clostridium perfringens pili proteins and an enzyme sortase C catalyzing pili-formation  [Not invited]
    神鳥成弘;野中康宏;関谷洋志;玉井 栄治
    第23回日本蛋白質科学会年会  2023/07  名古屋  日本蛋白質科学会
     
    Sortase-mediated pili are flexible rod proteins composed of major and minor/tip pilins, playing important roles in the initial adhesion of bacterial cells to host tissues. The pilus shaft is formed by covalent polymerization of major pilins, and minor/tip pilin is covalently attached to the tip of the shaft, involved in adhesion to the host cell. The formation of pili is catalyzed by class C sortase, a family of cysteine transpeptidases, which recognized the C-terminal cell wall sorting signal motifs (CWSS) of major and minor/tip pilins. The Gram-positive bacterium Clostridium perfringens, one of the pathogenic clostridial species causing gas gangrene and food poisoning, has major pilin (CppA), minor/tip pilin (CppB) with the collagen-binding motif, and class C sortase (CpSrtC). Here we report X-ray structures of CppB collagen-binding domains and CpSrtC. CppB collagen-binding domains adopt an L-shaped structure in open form, and a small -sheet unique to CppB provides a scaffold for a favorable binding site for collagen peptide. CpSrtC has a subsite for CWSS-binding, which is considered to aid polymerization of pili. We also report the expression and crystallization of CppB-CppA covalent complex.
  • ウェルシュ菌線毛タンパク質CppAのX線結晶解析  [Not invited]
    神鳥 成弘
    第90回日本生化学会大会・第40回日本分子生物学会年会合同大会（ConBio2017）  2017/12
  • ウェルシュ菌Sortase BのX線結晶解析  [Not invited]
    神鳥 成弘
    第89回日本生化学会大会  2016/09
  • 今日から始める細菌タンパク質の構造機能解析  [Not invited]
    神鳥 成弘
    日本細菌学会中国・四国支部総会  2015/10
  • 希少糖生産酵素Pseudomonas cichorii由来D-タガトース3-エピメラーゼの変異酵素を用いた糖アルコールおよびデオキシ希少糖との複合体構造解析  [Not invited]
    日本農芸化学会2015年度大会、岡山大学、岡山  2015
  • Cellulomonas parahominis由来L-リボースイソメラーゼの基質複合体構造解析および四量体形成の必要性の解明  [Not invited]
    日本農芸化学会  2015
  • 希少糖生産酵素Pseudomonas cichorii D-タガトース 3-エピメラーゼとデオキシ希少糖との複合体のX線結晶解析  [Not invited]
    第56回日本生化学会中国四国支部例会、島根大学、島根  2015
  • ツメガエル皮膚ガレクチンの構造・機能解析とgalectin-1との比較  [Not invited]
    第15回日本蛋白質科学会年会  2015
  • ツメガエル由来の二種のプロト型ガレクチンついてのX線結晶構造解析  [Not invited]
    第１４回四国免疫フォーラム  2015
  • 希少糖生産酵素Pseudomonas cichorii由来D-タガトース3-エピメラーゼの変異酵素を用いた糖アルコールおよびデオキシ希少糖との複合体構造解析  [Not invited]
    日本農芸化学会2015年度大会、岡山大学、岡山  2015
  • Cellulomonas parahominis由来L-リボースイソメラーゼの基質複合体構造解析および四量体形成の必要性の解明  [Not invited]
    日本農芸化学会  2015
  • 希少糖生産酵素Pseudomonas cichorii D-タガトース 3-エピメラーゼとデオキシ希少糖との複合体のX線結晶解析  [Not invited]
    第56回日本生化学会中国四国支部例会、島根大学、島根  2015
  • Structural and functional analyses of Xenopus skin galectin and comparison with galectin-1  [Not invited]
    第15回日本蛋白質科学会年会  2015
  • ツメガエル由来の二種のプロト型ガレクチンついてのX線結晶構造解析  [Not invited]
    第１４回四国免疫フォーラム  2015
  • アフリカツメガエルの皮膚および遍在型ガレクチンの立体構造解析  [Not invited]
    第14回日本蛋白質科学会年会  2014
  • アフリカツメガエル皮膚由来ガレクチンの立体構造と機能の解析  [Not invited]
    第87回日本生化学会大会  2014
  • Structural analyses of skin-derived and ubiquitous galectins from Xenopus laevis  [Not invited]
    第14回日本蛋白質科学会年会  2014
  • Analyses of the structure and function of Xenopus laevis skin galectin  [Not invited]
    第87回日本生化学会大会  2014
  • ファージ由来ウェルシュ菌特異的溶菌酵素Psmの触媒ドメインの結晶構造  [Not invited]
    2013年度農芸化学会大会  2013
  • 安定型ヒト由来ガレクチン9変異体のＸ線結晶構造解析  [Not invited]
    第13回日本蛋白質科学会年会  2013
  • タンデムリピート型ガレクチン-9のNおよびC末ドメインの水溶液中での挙動の解析  [Not invited]
    第13回日本蛋白質科学会年会  2013
  • ウエルシュ菌が分泌するシアリダーゼの基質特異性  [Not invited]
    日本糖質学会年会  2013
  • ガレクチン-9のN、C末端ドメインの構造およびリガンド相互作用についての解析  [Not invited]
    第86回日本生化学会大会  2013
  • Pseudomonas cichorii ST-24株由来のD-tagatose 3-epimeraseおよびその単糖異性化中間体の電子状態計算  [Not invited]
    錯体化学会第63回討論会  2013
  • X-ray structure of catalytic domain of a phage endolysin specific to Clostridium perfringens SM101  [Not invited]
    2013年度農芸化学会大会  2013
  • X-ray structure analysis of a stable protease-resistant human galectin-9 mutant  [Not invited]
    第13回日本蛋白質科学会年会  2013
  • Analysis of behavior of tandem-repeat type galectin-9 N- and C-terminal domain in solution  [Not invited]
    第13回日本蛋白質科学会年会  2013
  • ウエルシュ菌が分泌するシアリダーゼの基質特異性  [Not invited]
    日本糖質学会年会  2013
  • Analysis of structure and ligand interaction of galectin-9 N- and C-terminal domains.  [Not invited]
    第86回日本生化学会大会  2013
  • Pseudomonas cichorii ST-24株由来のD-tagatose 3-epimeraseおよびその単糖異性化中間体の電子状態計算  [Not invited]
    錯体化学会第63回討論会  2013
  • ウェルシュ菌特異的溶菌酵素Psmの酵素活性中心の解析  [Not invited]
    第85回日本細菌学会総会  2012
  • 糖環開環機構の解明を目指したPseudomonas stutzeri 由来 L-ラムノースイソメラーゼ変異酵素の構造解析  [Not invited]
    2012年度農芸化学会大会  2012
  • X-ray structure analysis of a phage endolysin showing specificity for Clostridium perfringens  [Not invited]
    第12回日本蛋白質科学会年会  2012
  • サルモネラ菌の接着に関与するβ型外膜蛋白質PagCおよびRckの巻戻しと結晶化  [Not invited]
    第12回日本蛋白質科学会年会  2012
  • Studies of the catalytic center of Psm, an endolysin specific to Clostridium perfringens  [Not invited]
    第85回日本細菌学会総会  2012
  • The study of ring-opening mechanism in L-rhamnose isomerase mutant from Pseudomonas stutzeri based on X-ray structure  [Not invited]
    2012年度農芸化学会大会  2012
  • X-ray structure analysis of a phage endolysin showing specificity for Clostridium perfringens  [Not invited]
    第12回日本蛋白質科学会年会  2012
  • サルモネラ菌の接着に関与するβ型外膜蛋白質PagCおよびRckの巻戻しと結晶化  [Not invited]
    第12回日本蛋白質科学会年会  2012
  • 免疫調節蛋白質ガレクチン‐９のＮＭＲを用いた解析  [Not invited]
    第11回四国免疫フォーラム  2012
  • X線構造解析によるPseudomonas cichorii D-タガトース3-エピメラーゼにおける1-deoxy 3-keto-D-galactitolの認識機構に関する研究  [Not invited]
    第85回日本生化学会大会、福岡国際会議場・マリンメッセ福岡、福岡  2012
  • タンデムリピート型ガレクチン-9の二つの糖結合ドメインについてのNMRを用いた解析  [Not invited]
    第85回日本生化学会大会  2012
  • 免疫調節蛋白質ガレクチン‐９のＮＭＲを用いた解析  [Not invited]
    第11回四国免疫フォーラム  2012
  • X線構造解析によるPseudomonas cichorii D-タガトース3-エピメラーゼにおける1-deoxy 3-keto-D-galactitolの認識機構に関する研究  [Not invited]
    第85回日本生化学会大会、福岡国際会議場・マリンメッセ福岡、福岡  2012
  • NMR analysis of the two carbohydrate-binding domains of tandem-repeat type galectin-9  [Not invited]
    第85回日本生化学会大会  2012
  • ボツリヌス菌C型神経毒素複合体におけるヘマグルチニンの糖鎖認識機構の構造研究  [Not invited]
    第11回日本蛋白質科学会年会  2011
  • プロテアーゼ耐性型ヒト由来ガレクチン8/シアリルラクトース/ラクトース複合体のＸ線結晶解析によるドメイン間の基質親和性の検討  [Not invited]
    第11回日本蛋白質科学会年会  2011
  • Crystal structure of a rare sugar producible enzyme L-ribose isomerase from Acinetobacter sp.  [Not invited]
    36th FEBS Congress  2011
  • 希少糖単結晶および単分子における安定構造と電子状態  [Not invited]
    第24回DV-Xα研究会  2011
  • ボツリヌス菌C型神経毒素複合体におけるヘマグルチニンHA3・糖鎖複合体のX線結晶解析  [Not invited]
    第84回日本生化学会大会  2011
  • ヒトガレクチン8N末端糖鎖認識ドメインと3'-sialyl-Nlacetyllactosamine複合体のX線結晶解析  [Not invited]
    第84回日本生化学会大会  2011
  • ウェルシュ菌特異的溶菌酵素Psmの構造と機能解析  [Not invited]
    第64回日本細菌学会中国・四国支部総会  2011
  • D-Xylose isomerase is active on 1-deoxy-3-keto- D-galactitol  [Not invited]
    The 5th Symposium of International Society of Rare Sugar (Rare Sugar Congress 2011)  2011
  • X-Ray Structure of 1-Deoxy-1-Fluoro-L-Tagatose  [Not invited]
    The 5th Symposium of International Society of Rare Sugar (Rare Sugar Congress 2011)  2011
  • Crystal Structures and Electronic Structures of Rare Sugar Molecules and Supermolecules  [Not invited]
    The 5th Symposium of International Society of Rare Sugar (Rare Sugar Congress 2011)  2011
  • Structure analysis of mutant L-rhamnose isomerase from Pseudomonas stutzeri to elucidate the ring opening mechanism  [Not invited]
    Rare Sugar Congress 2011  2011
  • X-Ray Structures of the Enzymes used for Rare Sugar Production and their Catalytic Reaction Mechanisms  [Not invited]
    The 5th Symposium of International Society of Rare Sugar (Rare Sugar Congress 2011)  2011
  • ボツリヌス菌C型神経毒素複合体におけるヘマグルチニンの糖鎖認識機構の構造研究  [Not invited]
    第11回日本蛋白質科学会年会  2011
  • プロテアーゼ耐性型ヒト由来ガレクチン8/シアリルラクトース/ラクトース複合体のＸ線結晶解析によるドメイン間の基質親和性の検討  [Not invited]
    第11回日本蛋白質科学会年会  2011
  • Crystal structure of a rare sugar producible enzyme L-ribose isomerase from Acinetobacter sp.  [Not invited]
    36th FEBS Congress  2011
  • 希少糖単結晶および単分子における安定構造と電子状態  [Not invited]
    第24回DV-Xα研究会  2011
  • ボツリヌス菌C型神経毒素複合体におけるヘマグルチニンHA3・糖鎖複合体のX線結晶解析  [Not invited]
    第84回日本生化学会大会  2011
  • ヒトガレクチン8N末端糖鎖認識ドメインと3'-sialyl-Nlacetyllactosamine複合体のX線結晶解析  [Not invited]
    第84回日本生化学会大会  2011
  • ウェルシュ菌特異的溶菌酵素Psmの構造と機能解析  [Not invited]
    第64回日本細菌学会中国・四国支部総会  2011
  • D-Xylose isomerase is active on 1-deoxy-3-keto- D-galactitol  [Not invited]
    The 5th Symposium of International Society of Rare Sugar (Rare Sugar Congress 2011)  2011
  • X-Ray Structure of 1-Deoxy-1-Fluoro-L-Tagatose  [Not invited]
    The 5th Symposium of International Society of Rare Sugar (Rare Sugar Congress 2011)  2011
  • Crystal Structures and Electronic Structures of Rare Sugar Molecules and Supermolecules  [Not invited]
    The 5th Symposium of International Society of Rare Sugar (Rare Sugar Congress 2011)  2011
  • Structure analysis of mutant L-rhamnose isomerase from Pseudomonas stutzeri to elucidate the ring opening mechanism  [Not invited]
    Rare Sugar Congress 2011  2011
  • X-Ray Structures of the Enzymes used for Rare Sugar Production and their Catalytic Reaction Mechanisms  [Not invited]
    The 5th Symposium of International Society of Rare Sugar (Rare Sugar Congress 2011)  2011
  • タンデムリピート型ガレクチン-9のC末側糖認識ドメインの役割について  [Not invited]
    第84回日本生化学会大会  2011
  • Role of the C-terminal Carbohydrate Recognition Domain of Tandem-Repeat Type Galectin-9  [Not invited]
    第84回日本生化学会大会  2011
  • 希少糖のX線構造解析と電子状態計算  [Not invited]
    日本化学会第90春季年会  2010
  • C末端領域の改変によるPseudomonas stutzeri由来L-ラムノースイソメラーゼの酵素活性への影響  [Not invited]
    2010年度農芸化学会大会  2010
  • ヒト由来ガレクチン9のC末端糖鎖認識ドメイン・シアリルラクトース複合体およびプロテアーゼ耐性型ヒト由来ガレクチン8のＸ線結晶解析  [Not invited]
    第10回日本蛋白質科学会年会  2010
  • Crystal structure of the C-terminal carbohydrate recognition domain of human galectin-9  [Not invited]
    35th FEBS Congress  2010
  • X-ray structures of rare sugar production related enzymes and the catalytic mechanisms  [Not invited]
    The 25th International Carbohydrate Symposium (ICS2010)  2010
  • X-Ray Structure Analyses and Electronic Structure of Rare Sugars  [Not invited]
    The 6th International Conference on DV-Xα Method, Daejeon, Korea  2010
  • X-ray Structure of Galectin-9 C-terminal Domain in Complex with  [Not invited]
    The 25th International Carbohydrate Symposium (ICS2010)  2010
  • Crystal Structure of D-Tagatose 3-Epimerase Cys66Ser from Pseudomonas Cichorii  [Not invited]
    2010 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2010)  2010
  • Acinetobacter sp. strain DL-28由来L-ribose isomeraseの結晶化及び予備的X線回折実験  [Not invited]
    第33回日本分子生物学会年会第83回日本生化学会大会合同大会  2010
  • Crystal Structure of D-Tagatose 3-Epimerase Cys66Ser from Pseudomonas Cichorii  [Not invited]
    2010 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2010)  2010
  • Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of L-ribose isomerase from Acinetobacter sp. strain DL-28  [Not invited]
    第33回日本分子生物学会年会第83回日本生化学会大会合同大会  2010
  • Crystal Structure of Rare Sugar Producing Enzyme, Pseudomonas stutzeri L-rhamnose Isomerase and its Catalytic Mechanism  [Not invited]
    38thNSC2009 (38th National Seminar on Crystalography)  2009
  • Bacillus pallidus由来D-アラビノースイソメラーゼのX線結晶構造解析と希少糖生産  [Not invited]
    2009年度農芸化学会大会  2009
  • 変異酵素の結晶解析に基づくPseudomonas stutzeri由来L-ラムノースイソメラーゼにおけるC末端領域の役割  [Not invited]
    2009年度農芸化学会大会  2009
  • Bacillus pallidus由来D-アラビノースイソメラーゼのX線結晶解析と希少糖生産  [Not invited]
    2009年度農芸化学会大会  2009
  • MHPC dioxygenaseのX線結晶構造解析  [Not invited]
    第50回日本生化学会 中国・四国支部例会  2009
  • 希少糖生産酵素Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomeraseの変異酵素を利用した糖環の開環機構  [Not invited]
    第50回日本生化学会 中国・四国支部例会  2009
  • The role of flexible C-terminal region of Pseudomonas stutzeri L-Rhamnose Isomerase  [Not invited]
    34th FEBS Congress  2009
  • An effect on enzymatic activity of rare sugar producible enzyme Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomerase by truncating the C-terminal region  [Not invited]
    Enzyme Engineering XX  2009
  • プロテアーゼ耐性変異型ヒトガレクチン8のX線結晶解析  [Not invited]
    第82回日本生化学会大会  2009
  • Bacillus pallidus 由来のD-アラビノースイソメラーゼとL-フシトール複合体のX線結晶構造解析  [Not invited]
    第82回日本生化学会大会  2009
  • ピリジン環分解ジオキシゲナーゼ（MHPCO）の機能におけるTyr270の働き  [Not invited]
    第82回日本生化学会大会  2009
  • 天然型単糖からの希少糖生産と生産酵素について  [Not invited]
    第13回生体触媒化学シンポジウム in Kagawa  2009
  • 新規リン脂質代謝関連酵素群の探索と機能解析  [Not invited]
    第2回香川メディカルサイエンスフォーラム  2008
  • 希少糖D-Tagatose及びD-ArabinoseのX線構造解析  [Not invited]
    日本化学会第88春季年会  2008
  • Pseudomonas stutzeri 由来のL-ラムノースイソメラーゼ・Mg2+複合体のX線結晶構造解析と酵素活性に及ぼす金属イオンの影響  [Not invited]
    2008年度農芸化学会大会  2008
  • X線結晶解析に基づくPseudomonas stutzeri 由来L-ラムノースイソメラーゼにおけるSer329の基質認識への影響  [Not invited]
    2008年度農芸化学会大会  2008
  • Functional and structural bases of a cysteine-less mutant as a long-lasting substitute for galectin-1  [Not invited]
    第49回日本生化学会 中国・四国支部例会  2008
  • The role of Cys66 of D-tagatose 3-epimerase from Pseudomonas cichorii on the basis of the crystal structure and its site-directed mutagenesis study  [Not invited]
    XXIV International Carbohydrate Symposium  2008
  • Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｌｌｉｄｕｓ由来のＤ‐アラビノースイソメラーゼの精製，結晶化および予備的Ｘ線結晶構造解析  [Not invited]
    日本生化学会  2008
  • X-ray structure of TTHA1281 from Thermus thermophilus HB8  [Not invited]
    XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography  2008
  • Structural basis of a cysteine-less mutant as a long-lasting substitute for galectin-1  [Not invited]
    XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography  2008
  • Crystallization and preliminary X-ray analysis of D-arabinose isomerase from Bacillus pallidus  [Not invited]
    XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography  2008
  • X-ray structure of D-arabinose isomerase from Bacillus pallidus.  [Not invited]
    Rare Sugar Congress 2008 in Kagawa  2008
  • Crystal Structures of Rare Sugars  [Not invited]
    The 4th Symposium of International Society of Rare Sugars (Rare Sugar Congress 2008 in Kagawa)  2008
  • X-ray Structural Analyses and Molecular Orbital Calculations of Rare Sugar Single Crystals  [Not invited]
    The 4th Symposium of International Society of Rare Sugars (Rare Sugar Congress 2008 in Kagawa)  2008
  • Pseudomonas stutzeri L-ラムノースイソメラーゼの触媒反応機構に関与する アミノ酸残基改変型酵素のX線結晶構造解析  [Not invited]
    第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会(BMB2008)  2008
  • Cys残基をSer残基に置換したガレクチン−１変異体（安定化ガレクチン−１）の機能と構造  [Not invited]
    第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会  2008
  • Pseudomonas cichorii 由来D-タガトース3-エピメラーゼのX 線結晶解析  [Not invited]
    2007年度農芸化学会大会  2007
  • 土壌菌L-ラムノースイソメラーゼの触媒反応機構における金属イオンの役割  [Not invited]
    第48回日本生化学会中国・四国支部例会  2007
  • The role of metal ion on active site in Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomerase  [Not invited]
    32nd FEBS Congress  2007
  • Binding modes of microglia-specific EF-hand protein Iba1 with targets deduced from X-ray structures  [Not invited]
    32nd FEBS Congress  2007
  • Substrate-recognition mechanism of Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomerase based on X-ray structures and site-directed mutagenesis  [Not invited]
    2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology  2007
  • X-ray structure of hypotetical 56-kDa selenium-binding protein from Sulfolobus tokodaii  [Not invited]
    2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology  2007
  • Crystal structures of molybdenum cofactor biosynthesis proteins from Sulfolobus tokodaii  [Not invited]
    2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology  2007
  • 土壌菌Ｄ-タガトースエピメラーゼの構造と触媒反応機構  [Not invited]
    2007年度酵素・補酵素研究会  2007
  • Bacillus stearothermophilus 由来のD-アラビノースイソメラーゼの結晶化  [Not invited]
    第30回日本分子生物学会年会第80回日本生化学会大会合同大会  2007
  • Pseudomonas stutzeri 由来L-ラムノースイソメラーゼ変異酵素S329Fの構造解析と基質結合様式  [Not invited]
    第30回日本分子生物学会年会第80回日本生化学会大会合同大会  2007
  • X-ray Structures of L-Rhamnose Isomerase from Pseudomonas stutzeri in Metal-binding Form and Metal-free Form  [Not invited]
    The 3rd Symposium of International Society of Rare Sugars (Rare Sugar Congress 2006 in Kagawa)  2006
  • Pseudomonas stutzeri 由来L-ラムノースイソメラーゼのX 線結晶解析  [Not invited]
    日本農芸化学会中四国支部第１５回講演会  2006
  • X-ray structure of microglia/macrophage-specific protein Iba1 and its binding study to actin and L-fimbrin  [Not invited]
    20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress  2006
  • Roles of Two Sugar Binding Sites in Starch Binding Domain of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 1  [Not invited]
    XXIIIrd International Carbohydrate Symposium  2006
  • Crystal Structure of L-rhamnose Isomerase from Pseudomonas stutzeri  [Not invited]
    XXIIIrd International Carbohydrate Symposium  2006
  • The Structures of L-Rhamnose Isomerase from Pseudomonas stutzeri in Complexes with L-Rhamnose and D-Allose  [Not invited]
    The 3rd Symposium of International Society of Rare Sugars (Rare Sugar Congress 2006 in Kagawa)  2006
  • Crystallization and Preliminary X-ray diffraction studies of D-Tagatose 3- Epimerase from Pseudomonas cichorii  [Not invited]
    The 3rd Symposium of International Society of Rare Sugars (Rare Sugar Congress 2006 in Kagawa)  2006
  • 好熱性放線菌Thermoactinomyces vulgaris R-47由来シクロデキストリン結合タンパク質のX線結晶解析  [Not invited]
    日本生化学会－中国・四国支部例会－  2005
  • Refined structure of Thermophilic cytochrome P450 from Sulfolobus tokodaii at 2.0 Å  [Not invited]
    日本生化学会年会  2005
  • Crystal structures of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-amylase 1 (TVA1) complex with pullulan-analog substrates  [Not invited]
    日本生化学会年会  2005
  • Crystal structure of macrophage/microglia-specific calcium-binding protein Iba1  [Not invited]
    日本生化学会年会  2005
  • 好熱性放線菌シクロデキストリン膜輸送に関わるCBPのX線結晶解析  [Not invited]
    日本結晶学会年会  2005
  • 超好熱性古細菌Sulfolobus tokodaiiシトクロム450とレドックスパートナーとの結晶化  [Not invited]
    日本結晶学会年会  2004
  • AuMAD法によるミクログリア特異的カルシウム結合タンパク質Iba1のＸ線結晶解析  [Not invited]
    日本結晶学会年会  2004

MISC

  • Y. Nonaka; S. Kamitori; T. Nakamura  2021/03
  • 神鳥 成弘  Trends in Glycoscience and Glycotechnology  30-  (172)  SJ1  -SJ10  2018
  • ウエルシュ菌細胞壁分解酵素Acpの構造と機能解析
    玉井栄治; 関谷洋志; 巻幡奈保美; 吉田裕美; 神鳥成弘; 牧純  日本細菌学雑誌(Web)  72-  (1)  2017
  • 希少糖の植物への作用(42):イネにおいてD-alloseをリン酸化するOsHXK6の基質特異性に関する解析
    松平一志; 加野彰人; 馬越史奈; 井上恵; 福元健志; 望月進; 吉原明秀; 何森健; 小原敏明; 重松由夫; 石田豊; 神鳥成弘; 吉田裕美; 大谷耕平; 市村和也; 五味剣二; 秋光和也  日本植物病理学会報  83-  (1)  2017
  • ウェルシュ菌線毛タンパク質CppAのX線結晶解析
    神鳥成弘; 玉井栄治; 関谷洋志; 牧純; 成谷宏文  日本生化学会大会(Web)  90th-  2017
  • 希少糖の植物への作用(40):イネの希少糖リン酸化酵素OsHXK6,OsFK1の機能解析
    松平一志; 加野彰人; 馬越史奈; 望月進; 大谷耕平; 福元健志; 吉原明秀; 何森健; 小原敏明; 重松由夫; 石田豊; 神鳥成弘; 吉田裕美; 市村和也; 五味剣二; 秋光和也  日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集  2016-  2016
  • 希少糖生産酵素Arthrobacter属由来D-プシコース3-エピメラーゼの結晶化およびX線結晶解析
    吉田裕美; 吉原明秀; 大谷耕平; 大谷耕平; 秋光和也; 何森健; 神鳥成弘  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)  2016-  2016
  • ウェルシュ菌Sortase BのX線結晶解析
    神鳥成弘; 吉田裕美; 玉井栄治; 関谷洋志; 牧純; 成谷宏文  日本生化学会大会(Web)  89th-  2016
  • ヒトガレクチン-1とツメガエルガレクチン-Vaの糖鎖選択性を決める構造的要因について
    野中康宏; 小川崇; 吉田裕美; 東海林博樹; 西望; 神鳥成弘; 中村隆範  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集  16th-  2016
  • ヒトガレクチン-1とツメガエルガレクチン-Vaの比較による,ガレクチンの構造と機能についての解析
    野中康宏; 小川崇; 吉田裕美; 東海林博樹; 西望; 神鳥成弘; 中村隆範  日本生化学会大会(Web)  89th-  2016
  • Cellulomonas parahominis由来L-リボースイソメラーゼの基質複合体構造解析および四量体形成の必要性の解明
    寺見優司; 上地敬子; 森本兼司; 吉田裕美; 神鳥成弘; 高田悟郎  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)  2015-  2015
  • 宇宙空間で得られた希少糖生産酵素D-tagatose 3-epimerase変異酵素の結晶とデオキシ希少糖との複合体構造
    吉田裕美; 吉原明秀; 田仲広明; 伊中浩治; 古林直樹; 山田貢; 太田和敬; 何森健; 神鳥成弘  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集  15th-  2015
  • 希少糖生産酵素Pseudomonas cichorii由来D-タガトース3-エピメラーゼの変異酵素を用いた糖アルコールおよびデオキシ希少糖との複合体構造解析
    吉田裕美; 吉原明秀; 石井知彦; 何森健; 神鳥成弘  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)  2015-  2015
  • ウェルシュ菌溶菌酵素オートライシン触媒ドメインのX線結晶解析
    吉田裕美; 玉井栄治; 関谷洋志; 牧純; 神鳥成弘  日本生化学会大会(Web)  88th-  2015
  • ツメガエル皮膚ガレクチンの構造・機能解析とgalectin-1との比較
    野中康宏; 小川崇; 吉田裕美; 東海林博樹; 西望; 神鳥成弘; 中村隆範  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集  15th-  2015
  • ツメガエル皮膚ガレクチンの立体構造とアロステリックな挙動についての解析
    野中康宏; 小川崇; 吉田裕美; 東海林博樹; 西望; 神鳥成弘; 中村隆範  日本生化学会大会(Web)  88th-  2015
  • 希少糖生産酵素Acinetobacter sp.由来L-リボースイソメラーゼのX線結晶構造解析
    吉田裕美; 吉原明秀; 寺岡美沙; 何森健; 神鳥成弘  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)  2014-  2014
  • アフリカツメガエルの皮膚および遍在型ガレクチンの立体構造解析
    野中康宏; 吉田裕美; 小川崇; 東海林博樹; 西望; 神鳥成弘; 中村隆範  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集  14th-  2014
  • アフリカツメガエル皮膚由来ガレクチンの立体構造と機能の解析
    野中康宏; 吉田裕美; 小川崇; 東海林博樹; 西望; 神鳥成弘; 中村隆範  日本生化学会大会(Web)  87th-  2014
  • Synthesis of TIM-3 IG-Like Domain Carrying A Complex-Type Carbodrate
    Y. Asahina; S. Kamitori; H. Hojo  BIOPOLYMERS  100-  (3)  315  -316  2013/05
  • Pseudomonas cichorii ST-24株由来のD-tagatose 3-epimeraseおよびそれに関わる単糖異性化中間体の電子状態計算
    大賀俊輔; 石井知彦; 茅原静佳; 土屋公奈; 妹尾辰也; 神鳥成弘; 吉田裕美; 坂根弦太  錯体化学会討論会講演要旨集  63rd-  2013
  • ファージ由来ウェルシュ菌特異的溶菌酵素Psmの触媒ドメインの結晶構造解析
    吉田裕美; 玉井栄治; 関谷洋志; 牧純; 神鳥成弘  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)  2013-  2013
  • ウェルシュ菌ファージ由来エンドライシン(Psm)のX線結晶解析
    神鳥成弘; 吉田裕美; 玉井栄治; 関谷洋志; 牧純  日本結晶学会年会講演要旨集  2013-  2013
  • 安定型ヒト由来ガレクチン9変異体のX線結晶構造解析
    吉田裕美; 西望; 寺岡美沙; 山下哲; 神鳥成弘  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集  13th-  2013
  • ヒトガレクチン9変異体のX線構造と糖鎖親和性の解析
    寺岡美沙; 吉田裕美; 西望; 中北愼一; 神鳥成弘  日本生化学会大会(Web)  86th-  2013
  • Thermus thermophilus HB8由来グルコシル/マンノシルグリセリン酸分解酵素とリガンドとの複合体の構造解析
    市川めぐみ; 宮崎剛亜; 吉田裕美; 神鳥成弘; 西河淳; 殿塚隆史  日本生化学会大会(Web)  86th-  2013
  • ウエルシュ菌特異的溶菌酵素Psmの酵素活性中心の解析
    玉井栄治; 関谷洋志; 吉田裕美; 成谷宏文; 神鳥成弘; 桑原知巳; 牧純  日本細菌学雑誌  67-  (1)  2012
  • 糖環開環機構の解明を目指したPseudomonas stutzeri由来L-ラムノースイソメラーゼ変異酵素の構造解析
    吉田裕美; 寺岡美沙; 何森健; 神鳥成弘  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)  2012-  2012
  • X線構造解析によるPseudomonas cichorii D-タガトース3-エピメラーゼにおける1-deoxy3-keto-D-galactitolの認識機構に関する研究
    吉田裕美; 茅原静香; 茅原静香; 吉原明秀; 寺岡美沙; 石井知彦; 何森健; 神鳥成弘  日本生化学会大会(Web)  85th-  2012
  • サルモネラ菌の接着に関与するβ型外膜蛋白質PagCおよびRckの巻戻しと結晶化
    山下哲; 吉田裕美; 神鳥成弘  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集  12th-  2012
  • プロテアーゼ耐性型ヒト由来ガレクチン8/シアリルラクトース/ラクトース複合体のX線結晶解析によるドメイン間の基質親和性の検討
    吉田裕美; 西望; 寺岡美沙; 山下哲; 中北愼一; 神鳥成弘  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集  11th-  2011
  • ボツリヌス菌C型神経毒素複合体におけるヘマグルチニンの糖鎖認識機構の構造研究
    山下哲; 吉田裕美; 殿塚隆史; 小熊惠二; 西川淳; 神鳥成弘  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集  11th-  2011
  • 新規EFハンドタンパク質Iba1の2量体形成をともなうコンフォメーション変化に関する研究
    吉田裕美; 寺岡美沙; 大澤圭子; 高坂新一; 神鳥成弘  日本化学会講演予稿集  91st-  (3)  2011
  • ボツリヌス菌C型神経毒素複合体におけるヘマグルチニンHA3・糖鎖複合体のX線結晶解析
    山下哲; 吉田裕美; 殿塚隆史; 小熊惠二; 西河淳; 神鳥成弘  生化学  2011
  • ヒトガレクチン8N末端側糖鎖認識ドメインと3’-sialyl-N-acetyllactosamine複合体のX線結晶解析
    寺岡美沙; 吉田裕美; 山下哲; 西望; 神鳥成弘  生化学  2011
  • 希少糖のX線構造解析と電子論的考察
    田原康宏; 田原康宏; 山地正嗣; 山地正嗣; 渡部優史; 渡部優史; 竹下圭; 石井知彦; 神鳥成弘; 吉田裕美; 何森健  日本化学会講演予稿集  90th-  (3)  2010
  • C末端領域の改変によるPseudomonas stutzeri由来L-ラムノースイソメラーゼの酵素活性への影響
    吉田裕美; 武田耕青; 武田耕青; 何森健; 神鳥成弘  日本農芸化学会大会講演要旨集  2010-  2010
  • Acinetobacter sp.strain DL-28由来L-ribose isomeraseの結晶化及び予備的X線回折実験
    寺岡美沙; 吉田裕美; 武田耕青; 武田耕青; 吉原明秀; 何森健; 神鳥成弘  生化学  2010
  • 動的光散乱による新規EFハンドタンパク質Iba1のコンフォメーション変化に関する研究
    吉田裕美; 大澤圭子; 高坂新一; 神鳥成弘  日本化学会講演予稿集  90th-  (3)  2010
  • ヒト由来ガレクチン9のC末端糖鎖認識ドメイン・シアリルラクトース複合体およびプロテアーゼ耐性型ヒト由来ガレクチン8のX線結晶解析
    吉田裕美; 西望; 寺岡美沙; 中北愼一; 中村隆範; 平島光臣; 神鳥成弘  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集  10th-  2010
  • X線構造に基づくガレクチン9のシアル化糖鎖認識機構の解明
    吉田裕美; 吉田裕美; 寺岡美沙; 西望; 西望; 中北愼一; 中北愼一; 中村隆範; 平島光臣; 神鳥成弘; 神鳥成弘  日本結晶学会年会講演要旨集  2010-  2010
  • ピリジン環分解ジオキシゲナーゼ(MHPCO)の機能におけるTyr270の働き
    小林淳; 八木年晴; 吉田裕美; CHU Nhat Huy; 神鳥成弘  生化学  ROMBUNNO.3T5A-2  2009/09
  • MHPC dioxygenaseのX線結晶構造解析
    小林淳; 吉田裕美; 神鳥成弘; 吉金優; 八木年晴  生化学  81-  (7)  640  2009/07
  • Bacillus pallidus由来D-アラビノースイソメラーゼのX線結晶構造解析と希少糖生産
    武田耕青; 武田耕青; 吉原明秀; 吉田裕美; 森本兼司; 高田悟郎; 何森健; 神鳥成弘  日本農芸化学会大会講演要旨集  2009-  2009
  • 変異酵素の結晶解析に基づくPseudomonas stutzeri由来L-ラムノースイソメラーゼにおけるC末端領域の役割
    吉田裕美; 武田耕青; 何森健; 神鳥成弘  日本農芸化学会大会講演要旨集  2009-  2009
  • 希少糖生産酵素Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomeraseの変異酵素を利用した糖環の開環機構
    吉田裕美; 渡部優史; 渡部優史; 武田耕青; 武田耕青; 石井知彦; 何森健; 神鳥成弘  生化学  81-  (7)  2009
  • 天然型単糖からの希少糖生産と生産酵素について
    武田耕青; 武田耕青; 吉田裕美; 吉原明秀; 森本兼司; 高田悟郎; 何森健; 神鳥成弘  生体触媒化学シンポジウム講演要旨集  13th-  2009
  • X線構造による希少糖生産酵素の単糖異性化反応機構の解析
    吉田裕美; 神鳥成弘  生化学  81-  (9)  2009
  • Bacillus pallidus由来のD-アラビノースイソメラーゼとL-フシトール複合体のX線結晶構造解析
    武田耕青; 武田耕青; 吉田裕美; 森本兼司; 高田悟郎; 何森健; 神鳥成弘  生化学  2009
  • X線構造による希少糖生産酵素の単糖異性化反応機構
    吉田裕美; 神鳥成弘  生化学 (ミニレビュー)  81-  (9)  811  -815  2009
  • Bacillus pallidus由来のD-アラビノースイソメラーゼの精製,結晶化および予備的X線結晶構造解析
    武田耕青; 武田耕青; 吉田裕美; 高田悟郎; 森本兼司; 何森健; 神鳥成弘  生化学  80-  (7)  2008
  • X線結晶解析に基づくPseudomonas stutzeri由来L-ラムノースイソメラーゼにおけるSer329の基質認識への影響
    吉田裕美; 武田耕青; 武田耕青; 高田悟郎; 何森健; 神鳥成弘  日本農芸化学会大会講演要旨集  2008-  2008
  • 希少糖D-Tagatose及びD-ArabinoseのX線構造解析
    渡部優史; 渡部優史; 武田耕晴; 武田耕晴; 勝本裕輔; 石井知彦; 神鳥成弘; 吉田裕美; 何森健  日本化学会講演予稿集  88th-  (2)  2008
  • Cys残基をSer残基に置換したガレクチン-1変異体(安定化ガレクチン-1)の機能と構造
    西望; 安部暁美; 岩城隼; 吉田裕美; 伊藤愛子; 東海林博樹; 神鳥成弘; 平林淳; 中村隆範  生化学  2008
  • Pseudomonas stutzeri L-ラムノースイソメラーゼの触媒反応機構に関与するアミノ酸残基改変型酵素のX線結晶構造解析
    吉田裕美; 渡部優史; 渡部優史; 武田耕青; 武田耕青; 石井知彦; 何森健; 神鳥成弘  生化学  2008
  • Pseudomonas stutzeri L-ラムノースイソメラーゼ変異酵素S329Fの構造解析と基質結合様式
    吉田裕美; 武田耕青; 武田耕青; 高田悟郎; 何森健; 神鳥成弘  生化学  2007
  • 好熱性放線菌由来シクロデキストリン代謝系の構造生物学
    殿塚隆史; 吉田裕美; 神鳥成弘; 西河淳; 坂野好幸  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集  7th-  2007
  • シクロ/マルトデキストリン結合タンパク質と各種シクロデキストリン等との複合体の結晶構造解析
    松本直樹; 山田貢; 吉田裕美; 神鳥成弘; 坂野好幸; 西河淳; 殿塚隆史  Journal of Applied Glycoscience  54-  (Suppl.)  2007
  • 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来TT1324のX線結晶解析
    安部暁美; 吉田裕美; 神鳥成弘; 神鳥成弘; 上利佳弘; 金川真由美; 倉光成紀; 倉光成紀  高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第5回連携研究会 理研シンポジウム 平成18年  2006
  • 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来TT1592のX線結晶解析
    山田貢; 吉田裕美; 神鳥成弘; 神鳥成弘; 中川紀子; 中川紀子; 上利佳弘; 金川真由美; 倉光成紀; 倉光成紀  高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第5回連携研究会 理研シンポジウム 平成18年  2006
  • The function and three-dimensional structure of α-amylase hydrolyzing pullulan and cyclodextrins
    TONOZUKA Takashi; SAKANO Yoshiyuki; KAMITORI Shigehiro  Bioscience & industry  58-  (8)  30  -33  2000/08
  • Crystal Structures of Antiferroelectric Mesogens with Systematically Changed Chemical Structures
    OKUYAMA Kenji; UEHORI Souichi; NAKAJIMA Yukinori; NOGUCHI Keiichi; KAMITORI Shigehiro; SUZUKI Yoshiichi; KAWAMURA Ichiro  Preprints of Symposium on Liquid Crystals  22-  319  -320  1996/09

Research Grants & Projects

  • X線構造とクライオ電顕による病原性細菌線毛の動的立体構造と宿主細胞接着機構の解明
    日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 2023/04 -2026/03 
    Author : 神鳥 成弘
  • ディフィシル菌溶菌酵素の菌種特異性に関する分子メカニズムの解明
    日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 2022/04 -2025/03 
    Author : 関谷 洋志; 神鳥 成弘
  • Study on the species-specificity mechanism of C. perfringens lytic enzymes and its application research
    Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 2018/04 -2021/03 
    Author : Tamai Eiji
     
    Lytic enzymes (endolysins or autolysins) are enzymes that degrade peptidoglycans and kill bacteria. They are classified into four types according to their degradation site: muramidase, glucosaminidase, amidase, and endopeptidase. Furthermore, structurally, they are composed of a catalytic domain and a cell wall binding domains. The aim of this study is to elucidate the substrate recognition and binding mechanism of lytic enzymes at the molecular level. In this study, we clarified the biochemical properties and the structure of the catalytic domain of Psa, an endolysin of C. perfringens. and Acd24020, an autolysin of C. difficile. We found that both of these lytic enzymes are specific to their corresponding bacteria, and that the specificity of Acd24020 depends on the structure of the substrate-binding groove.
  • X線構造に基づくウェルシュ菌表面タンパク質の細胞壁固定化および線毛形成機構の解明
    日本学術振興会：科研費（基盤研究C）
    Date (from‐to) : 2018/04 -2021/03 
    Author : 神鳥 成弘
  • X-ray structure analysis of the enzyme for rare sugar production and elucidation of the mechanism of its thermal stability
    Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 2016/04 -2019/03 
    Author : Yoshida Hiromi; IZUMORI ken; AKIMITSU kazuya
     
    The X-ray structure of ketose 3-epimerase from Arthrobacter globiformis M30, which was previously reported to be a D-allulose 3-epimerase (AgDAE), was determined. AgDAE formed a homotetramer and its overall structure was more similar to that of L-ribulose 3-epimerase (L-RE) than to the known structures of D-psicose (alternative name D-allulose) 3-epimerases (D-PEs or D-AEs), although AgDAE and L-RE have different substrate specificities. Both AgDAE and L-RE have long helices in the C-terminal region that would contribute to the stability of the homotetramer. AgDAE showed higher enzymatic activity for L-ribulose than D-allulose; however, AgDAE is stable and is a unique useful enzyme for the production of D-allulose from D-fructose.
  • X線構造に基づくクロストリジウム属特異的溶菌酵素の細胞壁認識分解機構の解明
    日本学術振興会：科研費（基盤研究C）
    Date (from‐to) : 2015/04 -2018/03 
    Author : 神鳥 成弘
  • The study on inclusive catalytic reaction mechanism of the enzymes used for rare sugar production on the basis of X-ray structures in complexes with rare sugars
    Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 2013/04 -2016/03 
    Author : Yoshida Hiromi; KAMITORI SHIGEHIRO; YOSHIHARA AKIHIDE; IZUMORI KEN
     
    X-ray structures of L-ribose isomerase from Acinetobacter sp. and Cellulomonas parahominis were determined. On the basis of the wild-type and mutant form structures in complexes with rare sugars, catalytic reaction mechanism of L-RI including ring-opening mechanism of sugar was proposed. Furthermore, mutant structure analysis supported the essentiality of tetramer formation of L-RI for its enzymatic activity.
  • Ｘ線構造に基づくガレクチンと糖鎖プロセッシング酵素のヒト型分枝糖鎖認識機構の解明
    日本学術振興会：科研費（基盤研究B）
    Date (from‐to) : 2011/04 -2014/03 
    Author : 神鳥 成弘
  • X線構造による脳内新規EFハンドタンパク質Iba1のシグナリング分子機構の解明
    日本学術振興会：科研費（基盤研究C）
    Date (from‐to) : 2008/04 -2011/03 
    Author : 神鳥 成弘
  • X線構造による脳ミクログリア特異的タンパク質Iba1のF-アクチン架橋機構の解明
    日本学術振興会：科研費（基盤研究C）
    Date (from‐to) : 2006/04 -2008/03 
    Author : 神鳥 成弘
  • 好熱性放線菌が持つシクロデキストリン代謝・膜間輸送マシーナリーの構造学的研究
    日本学術振興会：科研費（基盤研究B）
    Date (from‐to) : 2004/04 -2006/03 
    Author : 神鳥 成弘
  • X線構造に基づく好熱性放線菌α-アミラーゼのシクロデキストリン加水分解機構の解明
    日本学術振興会：科研費（基盤研究C）
    Date (from‐to) : 2002/04 -2004/03 
    Author : 神鳥 成弘
  • 新規α-アミラーゼTVAIIの3次元構造情報に基づく基質認識機構の解明
    日本学術振興会：科研費（基盤研究C）
    Date (from‐to) : 2000/04 -2002/03 
    Author : 神鳥 成弘
  • X-ray crystallography and protein engineering of branched oligosaccharides-producing enzymes
    Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 2000 -2002 
    Author : SAKANO Yoshiyuki; SAKAI Hiroshi; KAMITORI Shigehiro; NISHIKAWA Atsushi; TONOZUKA Takashi
     
    In this study, highly specific enzymes which produce branched oligosaccharides, TVA I and TVA II from Thermoactinomyces vulgaris and isopullulanase from Aspergillus niger, have been studied, and the following results were obtained. 1. Crystal structures of TVA I and TVA II Both TVA I and TVA II hydrolyze pullulan to produce panose. However, TVA I prefers polysaccharides, namely, starch and pullulan, while TVA II hydrolyzes oligosaccharides more strongly. The crystal structures of TVA I and also TVA II-substrate complex were determined and compared in this study.The results showed that : (1) the orientation of domain N of TVA I and TVA II are quite different, (2)TVA I is observed as a monomer in the crystal, while TVA II functions as a dimer, and these points appear to give the difference of substrate specificities between TVA I and TVA II. 2. Novel glucoamylase and cyclodextrin-binding protein from T. vulgaris To obtain enzymes related to oligosaccharide metabolysis, the flanking region of TVA II was sequenced, and genes of glucoamylase and cyclodextrin-binding protein were found. Numerous glucoamylases from fungi have been studied, and they prefer starch to maltooligosaccharides. In contrast, the glucoamylase from T. vulgaris efficiently hydrolyzes maltooligosaccharides. 3. Construction of expression system and properties of isopullulanase An expression system using a yeast, Pichia pastoris, has been established, and the enzyme was purified. The properties of the recombinant isopullulanase was also assessed, and the finding suggests that glycochains plays the essential role for the activity of isopullulanase.
  • Verification of Okuyama model for native collagen based on X-ray diffraction pattern obtained by synchrotron radiation
    Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 1999 -2001 
    Author : OKUYAMA Kenji; NOGUCHI Keiichi; KAMITORI Shigehiro
     
    The aim of this research project is to verify Okuyama model for collagen by using continuous diffraction obtained by synchrotron radiation. Unfortunately, we had only two chances to use synchrotron facility in the last year of this research term. Therefore, many of the things to do are not yet finished. The following results were obtained so far. (1) It was found that most of the specimens from kangaroo (or wallaby)-tail-tendon have a good orientation and good crystallinity k compared with those from rat-tail-tendon. (2) Since most of the diffraction spots from native collagen are very broad and diffuse, it is not possible to use background subtraction method usually used in the fiber diffraction field. We found that two-dimensional background subtraction by Fourier-Bessel function is the best method in the case of broad diffraction pattern from collagen. (3) Since we could use synchrotron facility only in the final year, we could not finish this research project within the research term. However, from the X-ray diffraction pattern taken by synchrotron radiation, we could say qualitatively that the Okuyama model for collagen could explain X-ray diffraction pattern from native collagen just as the Rich ＆ Crick model could. We will continue this research project to finish a quantitative analysis.
  • X-ray structure analysis system for fibrous polymers using imaging plate and GUI
    Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 1998 -2001 
    Author : OKUYAMA Kenji; KATUBE Yukiteru; NOGUCHI Keiichi; KAMITORI Shigehiro; HIGASHI Tsuneyuki
     
    The aim of this research project is to improve X-ray structure analysis system for fibrous polymers which we are using in our laboratory and to circulate this system globally for the benefit of related researchers. We changed our initial plan because of the high performance personal computer being available on the market with reasonable price during four years of this research term. In our final plan, we divided the system into two parts, data processing part and structure analysis part. For the former part we use a Work Station and for the latter we use several MS-Windows PCs having a minimum of Pentium. In this project we mainly improved structure analysis part and following results were obtained. (1) WinLALS program was reconstructed from the latest version of LALS (Linked-Atom Least-Squares) program and coded with Fortran 90 to run on MS-Windows PC. (2) PreLALS was designed to help WinLALS users to prepare input data with easy-to-use graphical user interface, to view molecular and crystal structure at various stages of structure analysis, and to execute WinLALS. (3) Four computational results of WinLALS program for the compounds of chitosan, triacetylcurdlan, polyimide and poly(ethylenesuccinate) were completely coincident with those obtained by the recent version of LALS. There are many merits of using PCs, such as computational time, easy to use and cost efficiency without burden.
  • 新規α-アミラーゼTVA IIのX線結晶構造解析に基づく活性機構の解明
    日本学術振興会：科研費（奨励研究(A)）
    Date (from‐to) : 1998/04 -2000/03 
    Author : 神鳥 成弘
  • 両親媒性分子のつくる二次元層状構造における有機分子との選択的複合体形成
    日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 1997 -1997 
    Author : 奥山 健二; 野口 恵一; 神鳥 成弘
     
    本研究では、一本鎖型界面活性剤(ホスト)のつくる二次元層状構造の中に、芳香族分子(ゲスト)が取り込まれて安定な複合体を形成する現象の基礎的な研究を行っている。即ち、溶液から結晶化した複合体単結晶を用いたX線結晶構造解析により詳細な複合体構造を調べると共に、粉末固体であるホストとゲストを乳鉢で混合することにより得た複合体粉末についても様々な面から研究し、その複合体形成要因について調べようとしている。 これまでに行った複合体結晶の構造解析結果より、複合体結晶の構造様式がホスト依存型と、ゲスト依存型の2つに大別できることを見つけていたが、新たな知見として次のことが明らかになった。1.ゲスト分子が平面構造をとらないときでも複合体は形成される。2.ゲスト分子が平面構造をとり、ホストがクロライドの時にのみ、ホスト依存型とゲスト依存型の2つのタイプが存在し、ブロマイドの時にはホスト依存型のみである。3.芳香族ゲスト分子との複合体形成は、カチオン性ホスト分子とアニオン性ポリマーとで調整したポリイオンコンプレックスでもおこり、ポリマー化する事により有機溶媒からキャストする事もでき、製膜も可能となった。粉末、単結晶に加えて、取り扱いやすいフィルムでも複合体形成が可能となり、形成要因研究の上で新たな展開が出来た。
  • Development of Structure Analysis System of Crystalline Polymers by using an Imaging Plate
    Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 1995 -1997 
    Author : OKUYAMA Kenji; NOGUCHI Keiichi; KAMITORI Shigehiro
     
    In this research project, we have developed a total structure analysis system for crystalline polymers by using only one work station form beginning to end. This system consists of two parts. One is the combination of X-ray intensity measurement by an imaging plate and data processing. The other is the structure analysis part using a Linked-Atom Least-Squares program. The project has been succesfully finished and many crystalline polymers have been analyzed using this system.
  • 両親媒性分子のつくる二次元層状構造における有機分子との選択的複合体形成
    日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 1996 -1996 
    Author : 奥山 健二; 野口 恵一; 神鳥 成弘
     
    本研究では、一本鎖型界面活性剤(ホスト)のつくる二次元層状構造の中に、芳香族分子(ゲスト)が取り込まれて安定な複合体を形成する現象の基礎的な研究を行っている。即ち、溶液から結晶化した複合体単結晶を用いたX線結晶構造解析により詳細な複合体構造を調べると共に、粉末固体であるホストとゲストを乳鉢で混合することにより得た複合体粉末についても様々な面から研究し、その複合体形成要因について調べようとしている。 これまでに既に9種のホスト分子と、12種のゲスト分子の作る20種以上の複合体結晶の結晶構造解析を行った。これらの結果より、 1.前年度に得られた、複合体結晶の構造様式がホスト依存型と、ゲスト依存型の2つに大別できるという結論をさらに裏付け、確実なものとした。また、新たに 2.界面活性剤分子のカウンターイオンの種類が構造に多大の影響を与えること、 3.ホスト分子とゲスト分子が複合体を形成するドライビングフォースは、ホスト・ゲスト間の水素結合形成だけではない事などを明らかにした。また、 4.ホストとゲストの成分比を変えて相図を作成することにより、DTAB/p-PPの系では単結晶として得られたホスト/ゲスト比が2/1の複合体の他に、1/1の複合体も存在することがわかった。
  • 二次元層状構造中の空間を利用した選択的複合体形成
    日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 1995 -1995 
    Author : 奥山 健二; 野口 恵一; 神鳥 成弘
     
    界面活性剤であるdodecyltrimethylammonium chloride(DTAC)をホストにして、ゲストであるカテコール、ハイドロキノン、p-ヨードフェノール、p-フェニルフェノールとの複合体結晶の作成に成功し、これら単結晶構造解析を行った。これら4つの複合体結晶の構造を比較してみると、前の2つと後ろの2つがそれぞれ同様のパッキング形態をとっている事がわかった。即ち、前二者はホスト分子のみで形成する層状入れ子構造において、互いに逆向きで入れ子になったホスト分子間を引き離して入れ子を浅くし、その隙間にゲスト分子が入ったホスト分子依存型の構造をとっていた。この構造の場合、ホストのアルキル鎖平面とゲストの芳香環面は互いに平行になっている。一方、後者ではホスト分子が層状構造を取る点では同様であるが、ゲスト分子間の相互作用が非常に強く、ゲスト結晶中と同様の相互作用を複合体結晶中でも保持していることが明らかになった。このタイプの複合体を、ゲスト分子依存型の構造と命名した。DTA測定においても、ゲスト分子依存型の構造を取る複合体では、ゲスト単独の結晶における熱挙動と極めて類似した挙動を示し、熱分析からもこの分類を支持する結果を得た。 以上の研究成果は論文としてまとめるとともに、2回の国際学会(ICCOS XII及びAsCA'95)で発表してきた。
  • Structural study of cyclodextrin inclusion complexes
  • Structural study of DNA/drug complexes
  • Structural study of proteins

Social Contribution

  • 講演会
    Date (from-to) : 2017/05/25
    Role : Lecturer
    Category : Lecture
    Sponser, Organizer, Publisher  : 香川大学「三豊サテライトセミナー」
    Event, Program, Title : ヒトのからだをつくるタンパク質
  • 出張講義
    Date (from-to) : 2016/08/25
    Role : Lecturer
    Category : Lecture
    Sponser, Organizer, Publisher  : 徳島県立脇町高等学校
    Event, Program, Title : 「SW-ingカレッジ」分子のかたち－体の中で働いている分子の３D構造
  • 出張講義
    Date (from-to) : 2014/12/24
    Role : Lecturer
    Category : Lecture
    Sponser, Organizer, Publisher  : 香川県立観音寺中央高校
    Event, Program, Title : 「日本化学会出前講義」体の中で働いている分子たち

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